隨著經濟的發展，農村飲用水水源地污染問題日益加重，僅靠飲水安工程措施已無法從根本上解決飲水安問題。
　　
　　“目前范圍內有1/3的河流和湖泊被污染，半數以上湖泊生態系統都遭到不同程度的破壞。綜合保護水源地，養護健康的淡水生態系統，是提供清潔飲用水的根本保證。”
　　
　　水源地保護是保障農村飲水安的關鍵所在，而維護健康的淡水生態系統是實現飲水安可持續的有力保障。水資源功能區劃分、水源地確定與保護、流域污染的防治和農村水環境改善，既需要政策支持，也需要有力的技術和資金支持。
　　
　　加強農村水源地水質保護的措施建議：
　　
　　1、著力加強河道綜合治理。加快推進中小河流綜合治理工程，面開展清潔河道行動；禁止在水源保護區內從事投餌養殖，逐步清退具有水源水質功能的水庫庫區內的水產養殖場；依法嚴厲打擊炸魚、毒魚、電魚等破壞水源地生態的違法行為。
　　

　　2、有控制生活污染。加強農村生活污水處理，逐步推進鎮污水處理廠建設；進步完善農村生活垃圾集中收運處理機制，完善排水設施，減少低洼積水造成水質惡化，嚴格落實日常保潔、日常監管、獎懲考核等工作。進步規范水源水質保護區的農家樂等的日常監管，提升經營業主的環保意識，加強經營場所垃圾、污水、油煙等環境綜合整治，確保達標排放。

　　
　　3、積開展水源地生態保護與修復。大力開展濕地保護建設、水源地源頭水源涵養林和生態公益林建設；嚴格控制水源地上游及周邊地區的開發活動，依法查處未經規劃許可亂砍亂伐、毀林開荒、私挖濫采等破壞生態環境的違法行為。
　　
　　4、建立面的水環境監測體系。建立健水質監測網絡和水功能區管理信息系統，定期公布水功能區質量狀況；加強對重點水域、重點水源區、主要入河排污口等常規的監督檢測，及時、準確地掌握水功能區的環境狀況、達標情況和污染物變化等情況。
　　
　　加強農村水源地水質保護的對策和措施，包括推進農村飲用水水源地保護區劃及其監管工作、實施流域綜合管理與建設生態清潔小流域、強化農村生態環境綜合整治、加強水質檢測管理和宣傳教育力度等。
　　
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